8千年前南澳島上就有人類生活。
西漢元鼎6年（前111年）南澳歸南海郡揭陽(yáng)縣管轄。
南澳島本為閩越地，后秦漢為了削弱閩越，將其劃給南越管轄， 南朝梁朝普通四年，西元523年，劃入東揚(yáng)州，劃入福建，南澳島全屬福建。南朝陳，繼續(xù)劃入福建。隋文帝開皇十一年（591年），全國(guó)撤郡設(shè)州，義安郡翌年，改名“潮州”。隋朝開皇十二年(西元592年)，潮州劃入福建，那時(shí)潮州叫義安郡。唐貞觀三年，西元629年再次劃入福建，隸屬江南道福建經(jīng)略史。唐朝中期時(shí)潮州汕頭一帶曾經(jīng)隸屬福建，屬閩州都督府、福州都督府和福建節(jié)度使等，南澳島全屬福建，明萬(wàn)歷三年（1575年），南澳島分屬福建，廣東，設(shè)南澳副總兵，即“協(xié)守漳潮等處駐南澳副總兵”，分廣東、福建兩營(yíng)。 清康熙二十四年（1685年）升設(shè)南澳總兵，管轄閩南、臺(tái)灣、粵東海域軍事，南澳島仍然分廣東、福建管轄。直到1914年，南澳全島才劃給廣東。
明萬(wàn)歷三年（1575年）詔設(shè)南澳副總兵，分廣東、福建兩營(yíng)。
清康熙二十四年（1685年）升設(shè)總兵。
清雍正十年五月丙子（1732年6月12日）設(shè)饒平縣南澳廳。
民國(guó)元年（1912年）7月改南澳廳為南澳縣。
1914年10月，全縣原由廣東、福建分治劃歸廣東省管轄。
1918年2月13日，南澳大地震，深澳縣城夷為平地。
1927年，縣城從布袋深澳移至隆澳（后宅）。

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